پس از طرح مباحث نظری و استدلالی در حوزة مباحث ولایت فقیه، بجاست که ماهیت نظام جمهوری اسلامی و ساختار آن را بررسی کنیم؛ زیرا با وجود طرح نظریة ولایت فقیه از همان آغاز عصر غیبت تا كنون، نظام جمهوری اسلامی نخستین تجربة كشورداری براساس ولایت مطلقة فقیه است. بدیهی است که با طرح این مباحث، به بخشی از پرسشها و شبهاتی که متوجه اساس نظام جمهوری اسلامی، و در رأس آن ولایت فقیه است، پاسخ خواهیم داد.